Cet outil est dédié aux utilisateurs de microscope qui souhaitent calibrer et tracer des barres d’échelles sur leurs images. À cette fin, une grille micrométrique est nécessaire, ou un système d’acquisition en microscopie pré-calibrée. L’outil contient les fonctions nécessaires pour créer des profiles de microscope, pouvant chacun contenir les réglages pour un groupe de 5 objectifs.
Ainsi la première chose à faire est de créer votre propre profile de microscope, et de le sélectionner dans le menu "microscope bleu". Un panel de profiles de démonstration est fourni dans le menu d’outil "On Line Documentation and Demo". Ces profiles vous permettent de tester le programme.
Vous pouvez créer une image calibrée avec une barre d’échelle si un profile de microscope a été choisi depuis l’icône "Available Microscope Profiles" de la barre d’outils. L'outil contient toutes les fonctions nécessaires pour créer ou modifier un profile de microscope.
Les profiles de microscopes sont stockés dans un répertoire "ImageJ/Microscope Profiles Collection". Chaque profile consiste en un fichier texte contenant les données séparées par des balises (comme "donnée").
Les images calibrées contiennent quant à elles deux catégories de méta-données :
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Les méta-données de type "Infos" contiennent deux sortes de données : un groupe de données concernant l’image (taille, objectif...) et un second concernant le profile de microscope utilisé pour calibrer l’image.
"Create a New Microscope Profile, Edit & Modify a Microscope Profile" : pour créer un profile de microscope, l’utilisateur doit remplir un champs de valeurs. Cela peut être effectué en modifiant un profile existant (du panel de démonstration par exemple), ou en en créant un nouveau. Les informations correspondent au titre du profile, et pour chaque nom d’objectif : à une distance en pixel, à la taille correspondante en micromètres, et à la taille par défaut de la barre d’échelle.
"Erase a Microscope Profile, Restore a Microscope Profile" : cette fonction efface le profile de microscope choisi. ! Cette opération est irréversible. Toutefois, les informations des images calibrées permettent d’installer ou de restaurer un profile de microscope.
"Update the Microscope Profiles Menu" : au cours des modifications opérées sur la liste des profiles de microscope, le menu "microscope bleu" est mis a jour par l’outil.
L'outil fourni une documentation réduite et le profile de microscope courant.
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